Johann Wilhelm Klein wird am 11. April 1765 in Alerheim bei Nördlingen geboren. Sein Vater Philipp steht als angesehener Oberamtspfleger und Kammerrat im Dienst der Fürsten von Oettingen-Wallerstein. Seine Mutter stirbt früh. Klein hatte einen jüngeren Bruder, Jakob, und eine Schwester, Magdalena.
Johann Wilhelm Klein absolviert in Stuttgart das Gymnasium und bis 1788 im Studium der Rechtswissenschaften die "hohe Karlsschule", eine vom Geist der Aufklärung und vom Elitedenken beseelte Einrichtung, die sicherlich Spuren in Kleins Denken und Handeln hinterlässt.
1793 übernimmt der Jurist das Sekretariat in Alerheim, ein Jahr später wird Klein fürstlicher Amtspfleger in Harburg. Wenig später wird er Oberamtspfleger. Seit 1792 sind die Koalitionskriege Österreich/Preußen gegen Frankreich im Gange. Als Oberamtspfleger muss Klein Maßnahmen setzen, die seinem philanthropischen Wesen widersprechen. Das mag seine, für Familie und Freunde unerwartete, Aufgabe des Berufes 1798 erklären.
Klein reist nach Wien in der Hoffnung, in den Nachwirkungen der Aufklärungsbemühungen Josefs II. mehr bürgerliche Freiheiten finden zu können. Einige Empfehlungsschreiben ermöglichen ihm Anstellungen als Privatsekretär und Hauslehrer und damit das physische Überleben. 1803 wird er in Wien zum "kaiserlich-königlichen Armen-Bezirks-Director", wir sagen heute dazu "Sozialarbeiter" oder "Streetworker", ernannt. Es bedurfte eines großen Idealismus, diesen Posten anzunehmen, denn es war keine Besoldung vorgesehen. Klein lernt den von Franz de Paula Gaheis 1802 veröffentlichten "Kurzen Entwurf zur Errichtung eines Blindeninstitutes" kennen und wagt den Schritt in die Praxis. Ermutigt haben ihn dazu die Schriften der Aufklärung und das Wissen um erfolgreiche blinde Persönlichkeiten wie Maria Theresia von Paradis. Seine spätere Frau Henriette Therese Geiger erzählt ihm über ihren vertrauten Umgang mit ihrer blinden Großmutter. Weiters spielen Ermutigungen durch den Grafen Wallis eine Rolle. Dieser hatte sich über das Wirken Valentin Haüys in Paris erkundigt.